На 4-е управление возлагались задачи - война 1941 - 1945
а) В области разведывательной деятельности: сбор и передача командованию РККА разведданных о дислокации противника, численном составе и вооружении его войсковых соединений и частей; о местах расположения штабов, аэродромов, складов и баз с оружием, боеприпасами и ГСМ; о строительстве оборонительных сооружений; изучение режимных, политических и хозяйственных мероприятий немецкого командования и оккупационной администрации.
б) В области диверсионной деятельности: нарушение работы железнодорожного и автомобильного транспорта, срыв регулярных перевозок в тылу врага; вывод из строя военных и промышленных объектов, штабов, складов и баз вооружения, боеприпасов, ГСМ, продовольствия и пр. имущества; нарушение линий связи на железных, шоссейных и грунтовых дорогах, узлов связи и электростанций в городах и других объектов, имеющих военно-хозяйственное значение.
в) В области контрразведывательной деятельности (совместно с органами 2-го управления НКВД - НКГБ и военной контрразведки): установление мест дислокации разведывательно-диверсионных и контрразведывательных органов и школ немецких спецслужб, их структуры, численного состава, системы обучения агентов, путей их проникновения в части и соединения РККА, в партизанские отряды и советский тыл; выявление вражеских агентов, подготавливаемых к заброске или заброшенных в советский тыл для проведения шпионско-ди-версионной и террористической деятельности, а также оставляемых в тылу советских войск после отступления немецкой армии; установление способов связи агентуры противника с ее разведцентрами; разложение частей, сформированных из добровольно перешедших на сторону врага военнослужащих РККА, военнопленных и насильственно мобилизованных жителей оккупированных территорий; ограждение партизанских отрядов от проникновения вражеской агентуры.
Нетрудно заметить, что задачи нового управления в области организации партизанской борьбы были существенно сужены. Однако подобное решение было далеко не бесспорным, а дискуссии в руководстве страны по вопросам партизанского движения далеко еще не завершились. Одной из самых серьезных проблем оставалась задача его организации и управления им.
Следует отметить, что вопрос о руководстве партизанским движением остро встал уже в первые месяцы войны и, как это ни печально, приобрел характер нездорового соперничества между представителями различных ведомств государства.
В конце лета 1941 г. первый секретарь ЦККП Белоруссии П. К. Пономаренко по своей инициативе разработал записку «К вопросу о постановке диверсионной работы в тылу врага». Записка после обсуждения в ЦК КП Белоруссии была направлена И.В. Сталину. Ее содержание было основано на трехмесячном опыте партизанской борьбы, показавшем, какую огромную силу представляет диверсионная работа в тылу врага, особенно на коммуникациях.
В записке в первую очередь как раз и доказывалась необходимость организации широкой систематической диверсионной работы и предлагались необходимые для этого меры. Указывалось, в частности, на то, что танковый батальон - грозная сила на поле сражения - в эшелоне совершенно беззащитен и может быть легко ликвидирован двумя-тремя партизанами-диверсантами. Доказывалось, что систематическими диверсиями можно будет закрыть движение на железнодорожных магистралях, ночное движение на автомобильных дорогах и сделать неполноценным дневное движение. Это заставит противника снять с фронта десятки дивизий на охрану коммуникаций, которые в конечном счете затруднят диверсии, но не ликвидируют их.
Как пример приводились результаты работы диверсионных пятерок, подготовленных в первые месяцы войны гомельской диверсионной школой при ЦК КП Белоруссии, осуществлявших крушения эшелонов, взрывы мостов и железнодорожных путей, минирование шоссейных-дорог и т. п. Делался вывод, что в целом постановка диверсионной работы неудовлетворительна, не соответствует огромным возможностям, которыми располагает страна. Предлагалось от длительной подготовки одиночек или групп «классиков-диверсантов» перейти к широко организованной, планомерной массовой диверсионной работе, решительно искоренять кустарщину, разобщенность, использовать охотно оказываемую помощь населения.
Среди необходимых мер для развития массовой диверсионной работы в тылу врага в записке выдвигались:
организация сети специальных школ для краткосрочной подготовки партизан-диверсантов;
превращение диверсионной школы при ЦК КП Белоруссии в Центральную диверсионную школу;
централизация руководства партизанским движением и диверсионной работой в тылу врага;
участие фронтов в организации диверсионной работы;
подготовка диверсантов в прифронтовых районах в полосе 100-150 км от фронта;
налаживание производства взрывателей замедленного действия с диапазоном действия от 2 часов до 100 суток.
В декабре 1941 г. Председатель ГКО и Верховный Главнокомандующий И. В. Сталин вызвал к себе П. К. Пономарен-ко. Состоялась двухчасовая беседа по вопросам развития и руководства партизанским движением.
Вопрос о создании органа централизованного руководства партизанским движением, который ставили все ЦК и обкомы партии оккупированных областей и республик, а также некоторые военные советы фронтов, И. В. Сталин считал правильным и своевременным. Центральный комитет уже тогда пришел к определенным выводам и в целом согласился в декабре 1941 г. с доводами П. К. Пономаренко и руководителей оккупированных территорий.