Должность органиста в церкви св. Власия
Иоганн Себастьян женился на своей кузине Марии Барбаре из Арнштадта. Впоследствии у них родилось семеро детей, трое из которых умерли в детстве. Трое из выживших — Вильгельм Фридеман, Иоганн Кристиан и Карл Филипп Эммануил — стали впоследствии известными композиторами.
Городские и церковные власти Мюльхаузена были довольны новым служащим. Они без раздумий одобрили его план реставрации церковного органа, требующий больших затрат, а за публикацию праздничной кантаты «Господь — мой царь», BWV 71 (это была единственная напечатанная при жизни Баха кантата), написанной к инаугурации нового консула, ему дали большое вознаграждение.